Ein dunkles Portal im Ödland von Agon
Portale sind Mechanismen, welche den Aether des Lichts mit dem dunklen Aether verbinden. Sie entstehen durch räumliche Annomalien und erlauben es lebenden Kreaturen den interdimensionalen Spalt zwischen den beiden Dimensionen gefahrlos zu durchwandern.
Portale kommen in zwei Varianten vor: Helle und dunkle Portale. Dunkle Portale lassen sich nur auf dem Aether des Lichts finden und führen zum dunklen Aether, bei hellen Portalen ist es umgekehrt. Dunkle Portale lassen sich mit Schüssen des Dark Beams öffnen, helle mit den Schüssen des Light Beams.
Während die meisten Portale natürlich entstandene räumliche Annomalien sind gibt es auch Portale, welche von den Luminoth künstlich hergestellt wurden um den dunklen Aether betreten zu können. Diese benötigen keine Waffe, um aktiviert zu werden, sondern bedienen sich eines Mechanismus, welcher das Portal in einen geöffneten Zustand zwingt.
Einige Kreaturen sind in der Lage, ihre eigenen Portale herzustellen. Dazu gehören der gemeine Kralee, welcher nur aufgrund eines genetischen Defekts dazu in der Lage ist, sowie die dunklen Kommandopiraten. Ing sind, ohne einen festen Körper, ebenfalls in der Lage, durch eigene Portale den dunklen Aether zu verlassen. Wollen sie diesen jedoch in ihrer wahren Gestalt verlassen, so müssen auch die Ing sich bereits existierenden Portalen bedienen.
Nachdem der dunkle Aether vernichtet ist, verschwinden auch die Portale.
Samus betritt das Portal in der Bryyo-Glutzone
Zusätzlich existieren noch andere Arten von Portalen in Metroid Prime: Hunters und Metroid Prime 3: Corruption. In Metroid Prime: Hunters existieren auf jedem Planeten und jeder Raumstation, die Samus besuchen kann, mindestens zwei Portale, welche in ein so genanntes Bollwerk führen. Zusätzlich gibt es auf den Sternenarchiven kleinere Portale, welche Samus von einem Ort auf den Archiven zu einem anderen führen.
In Metroid Prime 3: Corruption existieren zwei weitere Portale. Eines davon befindet sich auf Bryyo und befördert Samus von der Glutzone in die Eiszone, während das andere sich auf der Heimatwelt der Piraten befindet und Samus von dort in den Leviathan im Orbit der Piratenwelt befördert.