Se trata del arma secreta de los piratas espaciales en sus operaciones del sistema Bermuda. Es una nave espacial enorme con forma de casco y luces rojas usada para vengarse de la Federación Galáctica, con la capacidad de atacar cualquier blanco desde distancias muy lejanas. Posee un cañón frontal que, estando cargado al máximo, libera un láser de inmenso poder capaz de aniquilar flotas enteras. Cuenta con un campo de fuerza invulnerable contra todo tipo de ataques. La nave está controlada por una IA, Master Brain.
Cuidado. Partes importantes de la trama pueden estar detalladas en el siguiente texto.
Samus Aran, llamada por la Federación para investigar en el sistema Bermuda, obtiene una pista sobre un "arma estratégica" que los piratas planean usar. Los piratas trabajaban en una fuente de energía y utilizaban tecnología para aumentar de tamaño basada en la de la raza antigua de Bion.
Infernúcleo preparando su ataque.
Más tarde, las Fuerzas de la Federación descubren la existencia del Infernúcleo gracias a los datos de la NFG Dédalo. La nave estaba enmascarada con un campo de camuflaje controlado por dispositivo de transferencia, los cuales descubren gracias a mensajes encriptados que Samus obtiene antes de que se pierda el contacto con ella. Los marines consiguen destruir estos dispositivos y desenmascaran la nave. La flota de la Federación ataca al Infernúcleo, pero este dispone de un potente láser que acaba con un 90% de las naves.
Los marines entran en la nave para hacerla vulnerable mientras la diezmada flota con sus cazas restantes enfrenta a la flota pirata, y dentro descubren que Samus fue capturada y aumentada de tamaño gracias al rayo amplificador. Samus es obligada a luchar contra los marines, quienes logran vencerla y devolverla a su estado normal. Después, destruyen a Master Brain, la IA de la nave, y consiguen destruir el escudo. Después, el Infernúcleo es destruido por la flota federal y los marines escapan con ayuda de Samus.
