Cuidado. Partes importantes de la trama pueden estar detalladas en el siguiente texto.
Tras la invasión de Norion por parte de los Piratas Espaciales, Samus queda en coma un mes luego de su encuentro con Samus Oscura, y cuando ese tiempo transcurre despierta en el Laboratorio Delta con un nuevo equipo llamado Traje PDP, mismo que le permite utilizar el Phazon que invadió su cuerpo como arma ofensiva.
Soldado (mujer). Especialista de la Federación. No adiestrada para el combate.Los soldados son la base de la Armada, aunque normalmente se ven eclipsados por los prestigiosos marines. Sus tareas no siempre son peligrosas y en su mayor parte son especialistas en su campo.
Torreta Alabarda. Dispone de mira automática. Los movimientos bruscos la inutilizan.Las torretas GMX-04 Alabarda son el sustituto de las torretas Militante. Se trata de una unidad presente en la mayor parte de las zonas de seguridad. Está ligeramente acorazada y los blancos móviles pueden evitar su sistema de mira automática.
Fichero FG PD-001. (Phazon). Estado: transferido al Banco de Datos.El Phazon es un mineral que proviene de fuera del espacio de la Federación. Se trata de una sustancia radioactiva con propiedades mutagénicas que, además, comparte características con los seres vivos, ya que puede replicarse a sí mismo. La exposición al Phazon suele provocar conductas violentas y destructivas. Por último, es también una fuente de energía más potente incluso que el Gel Fuel en rendimiento. Debe usarse con cuidado, ya que puede transmitir el "mal del Phazon".
Fichero FG PX-013. (Pila de Phazon). Estado: transferido al Banco de Datos.La Pila de Phazon es un dispositivo que aprovecha la energía de los cristales de Phazon encontrados en Éter. Actualmente está siendo probada por un batallón de marines en el sistema Norion. Los soldados pueden generar un flujo de energía de su Pila que potenciará temporalmente sus sistemas ofensivos así como el exoesqueleto de su traje. Hasta la fecha no se han dado casos del "mal del Phazon".
Puerta de la Federación. Dispara para neutralizar el escudo y abrirla.Todas las puertas de la Federación llevan incorporado un escudo de baja intensidad para evitar que se abran por accidente. Dispara al escudo para activar y abrir la puerta. Aquellas cuyo campo de fuerza es azul pueden ser abiertas por cualquier tipo de arma.
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