Cuidado. Partes importantes de la trama pueden estar detalladas en el siguiente texto.
Samus Aran llega aquí siguiendo al Eliminador y se reúne con MB, haciéndose pasar por Madeline Bergman; Melissa Bergman acaba por revelar que las formas de vida en la Nave Botella fueron clonados de los restos del Traje de Samus, incluyendo a los Metroid, y revela la existencia de un programa llamado "MB" creado basándose en Cerebro Madre para controlar a los Metroides que se encuentran en el Sector 0. Samus se dirige allí para destruir a los Metroides, y cuando se va, el Eliminador ataca a Melissa.
Más tarde, bajo las órdenes del Comandante Adam Malkovich, Samus vuelve al laboratorio para encontrar a la superviviente detectada en la Sala MW. Al entrar encuentra el cadáver de James Pierce (lo que indica que él era el Eliminador). También encuentra el cadáver de Ridley, que ha sido asesinado por la Reina Metroid que más tarde Samus encuentra tras descubrir a la verdadera Madeline Bergman en una cámara de la sala, quien libera a la Reina Metroid. Tras destruirla, Madeline huye y Samus la sigue para hablar con ella. Madeline se tranquiliza y le revela a Samus que la mujer que encontró antes era en realidad MB, quien adoptó conciencia y emociones y se rebeló contra sus creadores. Melissa Bergman aparece con una Pistola de Hielo y amenaza a Samus y Madeline, y ella, quien tiene mucho cariño por Melissa considerándola como su hija, intenta tranquilizarla.
Posteriormente llegan unos soldados del Ejército de la Federación Galáctica al lugar y congelan a MB, quien, furiosa, se descongela y despierta a los Desbrachian. Más tarde el Coronel llega con más soldados que fusilan a Melissa, poniendo así a los Desbrachian nuevamente en letargo. El Coronel intenta llevarse a Madeline como testigo ya que la 7ª unidad de la Federación Galáctica ha sido aniquilada, pero Anthony Higgs aparece y escolta a Madeline junto a Samus.
Los spoilers terminan aquí.
Descripción[]
Como su nombre indica, el lugar es un laboratorio donde se desarrollan armas biológicas. La zona principal está llena de ordenadores, además de otras salas con más pantallas y computadoras. La mayor parte de las habitaciones son pasillos. La sala más importante es la Sala MW, donde se encuentran la Reina Metroid y Madeline Bergman. La Habitación de Control es otro lugar importante del laboratorio.
Certificación que acredita que el éxito ......"
A continuación se muestra una "QWERTY" del teclado de configuración (Una forma de orden de los teclados), aunque con la tecla Z en el lugar equivocado.
En el primer tráiler mostrado en el E3: 2009, el Laboratorio de Armas Biológicas es referido como "Living body arms development lab" (Laboratorio de desarrollo de armas de cuerpo viviente).
En el teclado, Samus escribe "E-Y-K" como las tres últimas letras de una contraseña de diez dígitos, pero recibe un mensaje de "Error" color rojo.
Los últimos tres dígitos en la contraseña que utiliza MB son "O-T-4".
El Laboratorio de Armas Biológicas es el área más pequeña en el juego. Las habitaciones contienen elementos de la zona que son inaccesibles hasta el final del juego.