El Mensaje Secreto trata acerca de un mensaje que se puede desbloquear en Metroid Fusion al conseguir alcanzar la Sala de Navegación sin haber obtenido la mejora de los Misiles de Difusión en el Sector 4 (AQA).
Durante el diálogo se rompe la llamada cuarta pared, que es la instancia en la que el o los personajes de una obra teatral (originalmente), serie de televisión, cómic o videojuego toman consciencia de los espectadores o jugadores que observan los hechos y en ocasiones les hablan directamente, "rompiendo" la pared imaginaria que los separa.
El mensaje es el siguiente:
- OJ computerizado: Samus, no te esperaba por aquí. Estoy impresionado. Lo que hiciste con la técnica cometa... muy ingenioso.
- Miembro misterioso de la Federación Galáctica: ¡Esa es nuestra Samus! ¡Magnífico, verdaderamente magnífico! Como recompensa, involucrémosla en nuestro plan. ¿Qué opinas, ordenador?
- OJ computerizado: No... lo recomiendo.
- Miembro misterioso de la Federación Galáctica: Bah...
- OJ computerizado: Dejémonos de bromas. Samus, vuelve al trabajo. ¿Ha quedado claro?
- Al elegir SÍ.
- OJ computerizado: Me pregunto cuántos jugadores verán este mensaje...
- Se cierra el panel pero Samus vuelve a colocarse sobre la baldosa.
- OJ computerizado: ¿Quieres confirmar la misión?
- Al elegir NO.
- Miembro misterioso de la Federación Galáctica: Samus, el plan del que te hablaba...
- OJ computerizado: Samus, vuelve a la ruta correcta inmediatamente.
- Miembro misterioso de la Federación Galáctica: ...
- Se cierra el panel.
Tras esto Samus debe ir donde utilizó la Técnica Cometa para pasar y dirigirse hacia la Sala de Datos y así descargar la mejora de los Misiles de Difusión y poder continuar con la historia, la cual no se ve afectada en absoluto a raíz de este mensaje.