
Existe un prototipo de Metroid Prime 3: Corruption que data desde el 2 de marzo del 2006, pero que fue filtrado en internet en enero del 2012.
Descripción[]
El prototipo fue desarrollado en el hardware de la Nintendo GameCube pero con memoria RAM adicional, pues requiere de al menos 48Mb de memoria GameCube, que está por encima de la capacidad original de la consola (43Mb).
El prototipo se puede jugar con un mando de GameCube y contiene toda una gama de opciones de depuración. El prototipo tiene a Samus en Norion, donde no puede entrar a su nave para guardar la partida o salir del planeta.
Depuración de cámara[]

Pulsando el botón superior del D-Pad permite activar una cámara en tercera persona, de una perspectiva fija parecida a la de Super Mario 64 (y posiblemente al primer prototipo que existió de Metroid Prime). La posición de la cámara depende de dónde el jugador la activa.
El modelo de Samus no tiene ninguna animación mas que el del Cañón, esto cuando el jugador apunta arriba o abajo, y Samus parece flotar encima de la superficie de la zona. Samus puede ser controlada normalmente. Manteniendo el gatillo L permite controlar la cámara, permitiendo que pueda enfocar en diferentes puntos con el análogo C. Pulsando el botón Y teletransporta a Samus al punto donde se encuentra la cámara.
Submenús de eventos[]

El prototipo inicua tan pronto como Samus aterriza en Norion, pero el mapa tridimensional del Muelle del Intercambiador Alfa está incompleto. Existen submenús que muestran y activan ciertos eventos que suceden durante todo el Ataque de Norion en la versión final del juego, como el encuentro con Ridley o la conversación inicial con el Marine del muelle.
Rayos[]
Todos los objetos se pueden activar en el menú de depuración, solo que algunos no se implementaron y por ende no son funcionales. Los visores son un caso especial, pues funcionan pero no son de utilidad. El Visor de Escaneo no hace nada puesto que no hay objetos por escanear; el Visor de Órdenes funciona también pero no hay Icono de Orden alguno; el Visor de Rayos X no funciona y causa que el Visor de Combate se torne rojo.
Ni el Rayo de Plasma ni el Rayo Nova funcionan, no hacen nada excepto cambiar el color del Rayo. Los efectos de un rayo tocando una superficie no están programados. El Hiperestado se puede activar junto a sus respectivas mejoras, pero no puede usarse. El Rayo Enganche se puede usar donde sea al pulsar el botón Y (con los Misiles activándose con el gatillo Z).
Otras mejoras[]
La Turbosfera y el Ataque Barrena funcionan perfectamente, con las gráficas de la Turbosfera siendo ligeramente diferentes a las del juego original. Para la Morfosfera hay dos mejoras llamadas Pirosfera y Criosfera, pero no aparecen en la versión final del juego.
Norion[]

La secuencia de inicio del juego original no aparece cuando el prototipo pasa a la jugabilidad. Se inicia en Norion, cuando Samus sale de su nave debe acercarse al Marine que le informa sobre la situación. Se grabó el trabajo de voz para esta secuencia (el diálogo es diferente, resumido, aunque el mensaje es el mismo). No se puede evitar la secuencia. En el juego original, toda la secuencia donde se ve la Nave de Samus llegando, Samus saliendo de ella y el diálogo con el Marine, sucede en una escena continua.
Los detalles de los objetivos están más resaltados que en el juego final. Las Expansiones de Misiles usan el icono del Traje Climático visto en Metroid Prime como un sustituto. Los Tanques de Energía son amarillos.
Habitaciones[]
El Muelle Intercambiador Alfa tiene una capa diferente. No existe la parte donde se obtiene el Rayo Enganche, Modo Lazo. La Expansión de Misiles en la parte trasera de la zona de aterrizaje se puede obtener saltando hacia ella y rompiendo una rejilla con un Misil, mientras que en el juego original solo es posible con el Rayo Enganche, Modo Liana.
El Intercambiador tiene un balcón superior y una capa diferente de enemigos. Las Aerominas no estaban programadas aquí. Una Expansión de Misiles detrás de una rejilla se haya en el piso superior. La puerta que lleva al Generador B está detrás de una pared sólida y cubierta con un escudo rojo, que puede ser destruido pero de todos modos no se puede acceder al otro lado.
La Subestación Este tiene un camino en la parte izquierda, sugiriendo que el túnel de la Morfosfera era opcional, con el Tanque de Energía en el lado opuesto del corredor. Los paneles que se retraen y salen no tienen animación, haciendo que el Tanque de Energía no pueda ser obtenido sin el control de la depuración de cámara. Unas tuberías bloquean el lado puesto del túnel, pero se retraen cuando el tanque de obtiene.
En Muelle de Carga A es diferente en capa. Tan pronto como Samus entra, la sala pasa a los pisos superiores e inferiores. El piso superior contiene un túnel de Morfosfera que se puede abrir con el Rayo Enganche, donde espera una Expansión de Misiles. No hay secuencia alguna, pero la puerta se bloquea hasta que los Piratas Espaciales sean vencidos. La aparición de Rundas está parcialmente implementada, él mata a los piratas pero luego él se queda parado en su lugar mientras la puerta se desbloquea.
Los interruptires de jalar-girar-empujar no se implementaron, significando que que deben ser activados parándose frente a ellos y pulsando el botón A, justo como un Escáner de Mano.
No existe la Estación de Mantenimiento. Hay una Expansión en el Conducto C, en una repisa lateral justo antes del túnel de Morfosfera, pero en el juego final se retiró.
La secuencia con Meta Ridley en el Muelle de Carga C también se implementó parcialmente, pero no puede morder o ser derrotado. El Pozo del Generador tampoco fue programado, la escena se reproduce y termina con Samus cayendo hasta morir.
El Leviatán no aparece. La cerradura que bloquea el acceso a la Torre de Control está abierta en parte, estando solo activados los paneles de los generadores A y C; el panel del generador B está apagado, pues parece ser que no se programó su activación por parte de Rundas. Samus puede traspasar el cierre con la depuración de cámara, pero la puerta al otro lado estará cerrada, así que la Torre de Control es inaccesible.
Restos de Metroid Prime 2: Echoes[]
Hay muchas opciones en el menú de depuración de elementos presentes en Metroid Prime 2: Echoes, como las menciones al Multijugador, por lo que podrían ser restos del motor de Echoes. Se puede seleccionar el Visor Oscuro aunque no funcionará. Hay algunos mensajes del juego, como el texto de reinicio que provoca el Virus Informático; también hay nombres de los jefes de Echoes.