Les mines de Phazon sont situées au sud-est de la planète Tallon IV. Il s'agit d'un complexe de tunnels creusés sous le Cratère d'Impact, qu'il est d'ailleurs possible d'observer depuis ces mines. Comme leur nom l'indique, ces mines contiennent du Phazon que les Pirates de l'Espace extraient afin de mener bon nombre d'expériences génétiques.
Comme tout complexe pirate, le lieu est lourdement gardé. L'infrastructure dispose de tourelles blindées et de drones de combat pour appuyer les troupes présentes en cas d'attaque. Dans Metroid Prime, les mines sont divisées en trois parties :
- La Salle Dynamo : Elle contient un générateur d'énergie ainsi que des bombes de puissance très convoitées mais hélas protégées par un Drone Sentinelle invisible et très résistant. La stratégie lors de l'affrontement consiste à viser entre les deux points rouges situés sur celui-ci. Afin de l'endommager rapidement, il est conseillé d'utiliser le Rayon à ondes. Le viseur infrarouge ne présente aucune utilité lors du combat.
- La salle du "pilier tournant" : Il s'agit d'une salle dont le pilier central fonctionne au moyen de générateurs pouvant être actionnés par le biais de bombes utilisables avec la Boule Morphing. C'est ici que se trouve le Rayon Grappin. Le pilier se compose de trois parties pourvues chacune d'un monorail de couleur distincte, permettant d'accéder à de nouveaux endroits selon la configuration du pilier.
- Le quartier d'élite : Dans cette salle se trouve le Pirate Oméga (pirate génétiquement modifié au Phazon). Une fois vaincu, la Combinaison de Phazon rendant invulnérable au Phazon et arborant une teinte bleu sera disponible.