多少気合を入れて走れば達成可能です。以下に上達のコツを記載しておきますので望んだ答えじゃないかもですが、参考になれば幸いです。
基本動作の詰めと、一部シーケンスブレイクの習得をおすすめいたします。
基本動作の場合、崖捕まりから直接登ってからジャンプするより崖捕まり後にそのまま前方へジャンプできる公式テクニック「クイックライズ」を活用したり、崖捕まりからモーフボールに変形するより、ジャンプからのZLでのワンボタン丸まりで高い所にある穴に入り込んだりしてみましょう。
また、落下する場所ではそのまま落下するより一度モーフボールになるとわずかに速度が上がります、これを行える場所は割と多いのでチリツモ効果でそれなりにタイムに出ます。
後は「スピードブースター」が使えそうな直線を探して、それらが攻略ルート上にある時に発動すると通常の移動より速く移動できます。
また、一部のボスにはシャインスパークが有効です。使えるところはガシガシ使いましょう。
以降はバグ技を含むシーケンスブレイクです。
E.M.M.I.01Pのスキップ(スライディング回転ジャンプ時のめり込みを利用した疑似ウェイブと呼ばれる技術、軽度のバグ技)
グラップリングビームの先行取得(スライディングで空中に飛び出した後ジャンプができる事を利用したテクニック、仕様)
ドロギーガのスキップ(E.M.M.I.01Pのスキップと同じ方法の他いくつかの方法で疑似ウェイブで突破可能です。やり方が複数あるのでやるなら検索推奨)
以上、ゲーム内タイム2h54m44sが自己ベストなメトロイダーからでした。